Puumerkin juuret juontavat aina 1950-luvulle, vaikkakin toiminta Puumerkin nimellä alkoi vasta vuonna 1992. Puumerkki Oy:n taustalla ovat 1950-luvun alussa perustetut Pitkäpuu Oy ja Pohjois-Karjalan Ovi ja Vaneri Oy. Molemmat yhtiöt kasvoivat tahoillaan aina 1990-luvun alkuun, jolloin silloinen Enso-Gutzeit Oy tuli molempien yhtiöiden omistajaksi.
1990-luku oli Puumerkille kasvun aikaa. Uusia toimipisteitä perustettiin mm. Lappeenrantaan, Tampereelle ja Jyväskylään. Toimintaa laajennettiin myös Suomen lähialueille perustamalla tytäryhtiöt Viroon ja Latviaan. Vuonna 2003 Puumerkin pääkaupunkiseudun toiminnot keskitettiin Keravalle.
Vuoden 2007 alussa Lappeenrannan toiminnot siirrettiin Joutsenoon Stora Enso Timberin Honkalahden sahan yhteyteen, johon perustettiin asiakkaita ja Puumerkin omia varastoja palveleva logistiikkakeskus. Kotkan pisteemme muutti uusiin tiloihin vuoden 2007 lopussa ja lokakuussa 2008 siirtyvät Kauhajoen toiminnot uusiin tiloihin Seinäjoelle.